Bioinformatique pour l'analyse des séquences nucléiques et protéiques Présentiel
Dernière mise à jour : 20/01/2025
Description
Jour 1
- Banques généralistes pour les séquences nucléotidiques et protéiques : GenBank, RefSeq, Uniprot, PDB, Gene Ontology, KEGG, leurs différences et leurs spécificités, présentation des systèmes d'interrogation, formats des données, qualité des données
- Recherche de similarités entre séquences : alignement deux à deux, modèles de score, alignement global et local
- Recherche d'homologie avec BLAST : algorithme sous-jacent, paramètres, significativité et visualisation des résultats, déclinaisons en BLASTN, BLASTP et BLASTX
Jour 2
- Alignement multiple : approches progressives et itératives, Muscle et Clustal Omega
- Annotation structurale de séquences génomiques : recherche d'ORF, biais d'usage des codons, prédiction de séquences codantes et de gènes
- Conception d'amorces avec Primer3 et Primer-blast
Jour 3
- Annotations structurale et fonctionnelle de protéines : modélisation de motifs (matrices et HMM), recherche des domaines (InterProScan)
- Reconstruction phylogénétique : parcimonie, approches bayésiennes et maximum de vraisemblance, application avec Phylogenie.fr
- Banques généralistes pour les séquences nucléotidiques et protéiques : GenBank, RefSeq, Uniprot, PDB, Gene Ontology, KEGG, leurs différences et leurs spécificités, présentation des systèmes d'interrogation, formats des données, qualité des données
- Recherche de similarités entre séquences : alignement deux à deux, modèles de score, alignement global et local
- Recherche d'homologie avec BLAST : algorithme sous-jacent, paramètres, significativité et visualisation des résultats, déclinaisons en BLASTN, BLASTP et BLASTX
Jour 2
- Alignement multiple : approches progressives et itératives, Muscle et Clustal Omega
- Annotation structurale de séquences génomiques : recherche d'ORF, biais d'usage des codons, prédiction de séquences codantes et de gènes
- Conception d'amorces avec Primer3 et Primer-blast
Jour 3
- Annotations structurale et fonctionnelle de protéines : modélisation de motifs (matrices et HMM), recherche des domaines (InterProScan)
- Reconstruction phylogénétique : parcimonie, approches bayésiennes et maximum de vraisemblance, application avec Phylogenie.fr
Objectifs de la formation
- Interroger les banques de données de séquences biologiques
- Conduire une analyse de séquences par homologie
- Annoter une séquence nucléique ou protéiques
- Mettre en place un design d'amorces
- Construire une phylogénie
- Conduire une analyse de séquences par homologie
- Annoter une séquence nucléique ou protéiques
- Mettre en place un design d'amorces
- Construire une phylogénie
Public visé
Chercheur, ingénieur ou technicien en biologie, santé et agro-alimentaire.
Prérequis
La formation demande des connaissances de base en biologie moléculaire (gène, génome, protéine) et l'habitude du travail sur ordinateur (traitement de texte, navigateur web). La formation est dispensée en français. Les logiciels présentés sont en anglais (documentation, interface).
Moyens et supports pédagogiques
Liste des ressources pédagogiques remises aux participants à l'issue de la formation : supports de cours, TD et TP au format dématérialisé, liste et mode d'accès de tous les logiciels libres utilisés lors de la formation.
Modalités d'évaluation et de suivi
Tout au long de la formation, des cas pratiques ou exercices corrigés permettront à l'apprenant d'évaluer l'acquisition des compétences.
Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation
Compétences acquises à l'issue de la formation
- Savoir mettre en œuvre des outils de prévention et de gestion du risque découlant de l'évaluation
- Savoir évaluer les risques en fonction des matériels biologiques manipulés en laboratoire de recherche, en laboratoire de diagnostic vétérinaire et en laboratoire R&D
- Connaître la réglementation en vigueur dans le domaine du risque biologique
Formateurs
Informations sur l'accessibilité
Accès PMR